หงส์เหนือมังกร เป็นเรื่องราวของ หลิว (มาช่า วัฒนพานิช) บุตรีของ ตี๋ซุ้ง (จรัล มโนเพ็ชร) เจ้าพ่อผู้ยิ่งใหญ่แห่งวงการนักเลงเมืองไทย การเติบโตขึ้นมาท่ามกลางเหล่ามิจฉาชีพ และด้วยการสั่งสอนอบรมของ ตี๋ซุ้ง และเต็งล้อ (นพพล โกมารชุน) ที่ปรึกษาเจ้าพ่อทำให้หลิว แปลกแยกและแตกต่างจากเด็กสาวคนอื่น ๆ ทั้งที่ภายในจิตใจที่เงียบเหงาของเธอนั้นก็ปรารถนาเพียงชีวิตที่เรียบง่าย เหมือนปุถุชนทั่วไป ดั่งหงส์ที่เฝ้าอิจฉาฝูงนกนอกกรงทอง
ในงานฉลองตรุษสารทงานหนึ่ง หลิว อ้อนวอนพ่อจนได้รับอนุญาตให้ออกไปเที่ยวได้ตามลำพัง ในงานนั้นเธอได้พบกับจางเหา (ศักดิ์สิทธิ์ แท่งทอง) จีนฮ่อผู้มีอดีตอันขมขื่น ภรรยาของเขาถูกเหล่าอันธพาลฆ่าตาย ด้วยความเป็นคนยึดมั่นในเรื่องบุญคุณ ความแค้นทำให้ จางเหาบุกไปสังหารเหล่าอันธพาลตายหมดสิ้น ส่วนตัวเขาก็ลอบหนีเข้ากรุงเทพมาทำงานเป็นคนครัวให้กับเหลา ตี๋ซา (กำธร ทัพคัลไลย) มาเฟียผู้เป็นน้องร่วมสาบานของ ตี๋ซุ้ง จางเหา และ หลิว พูดคุยถูกชะตากันอย่างรวดเร็ว ทันใดนั้นเอง เสียงปืนดังขึ้นชุดใหญ่ทำให้ฝูงชน ในงานเกิดความโกลาหลอลหม่าน แต่ก่อนที่กระสุนเหล่านั้นจะปลิดชีวิต หลิวที่ยืนตะลึงอยู่ จากเหา ก็ได้เสียงชีวิตเข้าช่วยเธอไว้เหตุการณ์นี้ทำให้ จางเหา ได้รู้ว่า หลิว เป็นลูกสาวเจ้าพ่อ ตี๋ซุ้ง ผู้ยิ่งใหญ่ ส่วนหลิว ก็รู้สึกประทับใจในตัว จางเหา
ต่อมา ตี๋ซุ้ง สืบจนรู้ว่าเหตุการณ์ร้ายแรงที่เกิดขึ้นกับ ลูกสาวตนนั้นเป็นประกาศศักดาของ ป๋าเสริฐ (กรุง ศรีวิไล) นักเลงใหญ่ ที่คิดจะทาบรัศมีเจ้าพ่อยังไม่อยากโต้ตอบ ทำให้เขาและ ตี๋ซา ต้องทะเลาะ กันอย่างรุนแรง เกิดการแบ่งพรรคแบ่งพวกขึ้นในกุล่ม และส่งผลให้พี่น้องร่วม สาบานต้องแตกหัก ตี๋ซาต้องการกำจัดตี๋ซุ้ง แต่ก่อนที่จะลงมือสำเร็จ หลิวเข้ามาพบเหตุการณ์และเพื่อปกป้องชีวิตพ่อ หลิวจำเป็นต้องชิงสังหารตี๋ซาเสียก่อน การตายของผู้มีพระคุณสร้างความเคียดแค้นให้กับ จางเหาเป็นอันมา เขาสาบานจะต้องกำจัด ตี๋ซุ้ง เป็นการชำระแค้นให้ได้ และหลังจากรอคอย โอกาสมานานในที่สุดจางเหา ก็สามารถบุกเข้าถึงตัว ตี๋ซุ้ง และล้างแค้นได้สำเร็จ
จุดจบของเจ้าพ่อเมื่อหลวงสร้างความตื่นตะลึงไปทั่ววงการ งานศพถูกจัดขึ้นอย่างยิ่งใหญ่ มีแขกในวงการนักเองมาร่วมงานมากมาย ทุกคนต่างวิพากษ์จารณ์ถึงอนาคตของแก็งค์ซึ่งขาดหัวหน้า รวมทั้งกังวลกับพฤติกรรมของป๋าเสริฐซึ่งเป็นแก็งค์คู่แข่ง หลังจากงานศพ เต็งล้อ ตัดสินใจเปิดพินัยกรรมของ ตี๋ซุ้ง เพื่อหาหัวหน้าคนใหม่มาสะสางปัญหาทั้งหมด และแล้วสิ่งที่ไม่มีคาดคิดก็เกิดขึ้น เมื่อพินัยกรรมของ ตี๋ซุ้ง ระบุให้หลิวเป็นผู้รับช่วงอำนาจ ส่วนตี๊เล็ก (พนมกร ดังทัตสวัสดิ์) ลูกชายคนเดียวของตี๋ซุ้ง กลับไม่ได้อะไรเลย เต็งล้อ เฉลยความลับให้แก่ หลิว ว่าแท้จริงแล้วตี๋เล็ก เป็นลูกของคนร้ายที่บุกเข้ามาข่มขืนเหมย (เดือนเต็ม สาลิตุล) ภรรยาของ ตี๋ซุ้ง ในช่วงที่ตี๋ซุ้งติดคุกอยู่ อันเป็นเหตุให้ ตี๋ซุ้ง เย็นชาจน เหมย ต้องแยกตัวไปถือศีลกินเจอยู่คนเดียว และทำให้ตี๋เล็ก ไม่เคยได้รับความเอาใจใส่จาก ตี๋ซุ้ง แม้แต่น้อย ซึ่งทำให้ ตี๋เล็ก กลายเป็นคนมีปัญหาใจร้อน บ้าระห่ำไม่เคยเกรงกลัวใคร ทว่า เต็งล้อ ไม่ได้ปริปากเล่าเรื่องสำคัญก็คือ คนร้ายที่ว่านั้นก็คือเขานั้นเอง
การขึ้นรับตำแหน่งต่อจาก ตี๋ซุ้ง กะทันหัน สร้างความกังวลใจแก่หลิวเป็นอย่างมาก แต่ด้วยคำขอร้องแกมบังคับของเต็งล้อที่ยกเอาความกตัญญูมาเป็นข้ออ้าง ทำให้หลิวยอมรับ ในวันก่อนรับตำแหน่งนั้นเอง หลิวตัดสินใจลาออกจากมหาวิทยาลัย และตัดหางเปียของตัวเองทิ้งไป ด้วยจิตใจแน่วแน่ที่จะก้าวขึ้นสู่ความเป็นหงส์เหนือมังกร ให้สมดังเจตนารมณ์ ตี๋ซุ้ง ผู้เป็นบิดา แต่หลิวไม่เชื่อว่าคนที่เธอแอบรักนี้จะเป็นคนฆ่าพ่อ รวมทั้งหลักฐานที่ชี้ชัดก็ไม่มีเธอจึงตัดนิ้วของเขาแทนเพื่อยุติปัญหา แต่นั่นกลับยิ่งทำให้เหล่าลูกน้องมองว่าเธอเป็นเพียงแค่เด็กหญิงใจอ่อนคน หนึ่งเท่านั้น แม้แต่ตี๋เล็กน้องชายก็ไม่พอใจพฤติกรรมของเธอ จนเกิดทะเลาะกันขึ้น และตี๋เล็ก พาพรรคพวกออกไปรุมซ้อมจากเหา จนเกือบตาย
นับตั้งแต่นั้น จางเหาที่ต้องเสียนิ้ว เสียทั้งศักดิ์ศรี และเกือบต้องเสียชีวิต ทำให้เขาผูกใจอาฆาตหลิว และหอบความแค้นเหล่านี้ไปหลบซ่อนตัวเพื่อรอวันล้างแค้น การที่หลิว ไว้ชีวิตจางเหา ทำให้คนในพรรคไม่ยำเกรงเธอการปกครองจึงระส่ำระส่าย ทำให้ป๋าเสริฐ ยิ่งเหิมเกริมแผ่ขยายอำนาจกว้างขึ้นเรื่อย ๆ จนตี๋เล็ก มีหน้าที่ดูแลบ่อนหมดความอดทน ลงมือสังหารลูกชายของ ป๋าเสริฐ จากเรื่องที่เกิดขึ้นทำให้ หลิวต้องขอความช่วยเหลือจาก เวคิน (มานพ อัศวเทพ) นักการเมื่อผู้มีอิทธิพล ซึ่งเป็นเจ้านายเก่าของป๋าเสริฐให้ช่วย เจรจายอมความ แต่เธอกลับต้องถูกเหยียดหยามศักดิ์ศรี เมื่อเวคิน ยื่นเงื่อนไขให้เธอพลีตัวแลกเปลี่ยน หลิวจำยอมรับปากเพื่อรักษาชีวิตน้องชาย หากแต่เธอก็ผูกใจเจ็บ เวคินมานับแต่วินาทีนั้น ซึ่งสร้างความอึกอัดให้แก่ เต็งล้อ เป็นอันมาก เพราะเต็งล้อกำลังวางแผนจะหักหลังหลิวและอาศัยเวคิน เป็นบันไดก้าวขึ้นเป็นใหญ่เสียเอง
ทางด้านจางเหา เมื่อเริ่มทุเลาจากอาการบาดเจ็บก็เริ่มหัดใช้ปืนมือซ้าย และส่งเก๊า ลูกน้องคนสนิทเขาไปเป็นสายสืบในบ้านของหลิว เพื่อเตรียมล้างแค้น แต่เก๊ากลับมารายงานว่า ที่หลิวต้องตัดนิ้วของจางเหา ก็เพื่อรักษาชีวิตของเขา ฝ่ายเวคิน หลังจากเจรจากับ ป๋าเสริฐ สำเร็จก็ทวงสัญญากับหลิว อย่างอุกอาจ ทำให้หลิวตัดสินใจสั่งให้เต็งล้อส่งคนไปสังหาร เวคินหลังจากใคร่ครวญแล้ว เต็งล้อเห็นว่าการมี หลิว เป็นหุ่นเชิดนั้นเป็นประโยชน์ ต่อตนมากกว่าเต็งล้อจึงจัดการสังหารเวคินเสีย
การสังหาร เวคินกลายเป็นบทเรียนแรกที่ทำให้หลิวได้รู้จักการใช้อำนาจของเธอ เพราะการตายของ เวคินทำให้คนในพรรคยอมศิโรราบต่อเธอมันกลายเป็นจุด ที่เปลี่ยนให้เธอมีความเชื่อมั่น กลายเป็นหงส์ที่ทะยานสูงไม่แพ้มังกรอย่างผู้เป็นพ่อ จนแม้แต่เต็งล้อก็คาดไม่ถึง หลิวแสดงอำนาจของเจ้าแม่อีกครั้งด้วยการสั่ง เก็บศัตรูอย่าง ป๋าเสริฐชื่อเสียงของเธอเริ่มโด่งดังในวงการเป็นเหตุให้จางเหา ต้องเร่งรัดแผนการณ์ล้างแค้นของตน เขาตัดสินใจจะปลิดชีวิตเธอด้วยมือของเขาเอง และในงานเลี้ยงแห่งหนึ่ง จางเหาก็ได้โอกาสที่จะลงมือ แต่ในเสี้ยววินาทีนั้น กลับมีมือสังหารอีกผู้หนึ่งชิงลงมือก่อนหน้าเขา และสภาพของหลิว ที่ตื่นตระหนกท่ามกลางกระสุน หวนให้จางเหาระลึกถึงวันแรกที่เขาพบเธอ และช่วยชีวิตเธอ ความรู้สึกที่เกิดขึ้นทำให้เขาลังเล และในที่สุด สมุนของหลิวก็ช่วยเธอ ออกไปได้สำเร็จ
ไม่นานต่อมา หลิวได้รับเชิญให้เข้าร่วมประชุมกลุ่ม มังกร 14 เค ซึ่งเป็นองค์กร อาชญากรรมใหญ่ที่สุดในทวีปเอเชีย ซึ่งการได้รับเชิญนี้มีทางเป็นไปได้สองทางก็คือ องค์การต้องการรับเธอเข้าไปเสริมแทนเวคินที่ตายไปหรือองค์การต้องการกำจัด เธอ ในฐานะที่ฆ่าเวคิน เต็งล้อ แนะนำให้ หลิวไปฝาฝังตัวกับทาเคชิ วาตานาเบะ ยากูซ่าชาวญี่ปุ่นผู้เป็นสหายสนิทของ ตี๋ซุ้ง เพื่ออาศัยบารมีของเขาคุ้มครอง ทางด้าน จางเหา ก็หาโอกาสสังหาร หลิวได้อีกครั้ง แต่ด้วยความลังเลใจ ทำให้เขาถูกสมุนของ หลิวจับได้ แต่หลิวก็ละเว้นชีวิตเขาเป็นครั้งที่สองเป็นผลให้จางเหา แน่ใจในความรู้สึกของหลิวที่มีต่อตน
ความขัดแย้งระหว่างความแค้นกับความรักนี้ทำให้จางเหาตัดสินใจถอนตัว ออกจากวงการไปใช้ชีวิตที่ต่างจังหวัด ใกล้ถึงวันประชุมหลิวของเข้าพบทาเคชิตามลำพัง เพื่อขอความช่วยเหลือ แต่แล้วสิ่งที่เธอได้รู้ก็คือ ทาเคชิ เป็นผู้บงการกลุ่มมือปืนที่เข้ามาสังหาร เธอในงานเลี้ยงนั่นเอง แบะการนับพบในวันนี้ก็คือการล่อให้หลิวก้าวเข้าสู่กับดัก แม้ว่าจะอยู่วงล้อมของศัตรู แต่หลิวใช้ปฏิญาณไหวพริบยืดเวลาของชีวิตเธออกไป และเมื่อสบโอกาสเธอก็จัดการสังหารทาเคชิและหนีออกมาสำเร็จ
เมื่อถึงวันประชุมกลุ่มมังกร 14 เค หลิวได้รับรองจากองค์การให้เป็นสมาชิก ซึ่งเท่ากับว่าได้บรรลุสู่ความเป็นหงส์เหนือมังกรอย่างเต็มภาคภูมิแต่ช่วง เวลาแห่งความภูมิใจ จบสิ้นไปอย่างรวดเร็ว เมื่อตี๋เล็กน้องชายถูกศัตรูเก่าสังหารจบชีวิต เป็นเหตุให้ เหมย ผู้เป็นแม่ล้มเจ็บหนัก ก่อนตาย เหมยสารภาพความจริงว่า เต็งล้อ คือพ่อของ ตี๋เล็ก และที่เต็งล้อ ปล่อยให้เธอขึ้นครองอำนาจก็เพื่อหลอกให้เป็นเชิดหาผลประโยชน์ใส่ตัว และขณะนี้ เต็งล้อก็เริ่มจะระแวงและหาทางกำจัดเธอแล้ว
ความจริงทั้งหมดทำให้ หลิวเจ็บปวดจนไม่อยากยุ่งเกี่ยวกับวงการนี้ต่อไป เธอตัดสินใจหนีไปใช้ชีวิตอยู่จางเหา ที่ต่างจังหวัดด้วยความหวัง ที่จะมีชีวิตที่สงบสุขอย่างคนทั่วไป แต่สิ่งที่เธอรู้ในเวลาต่อมากลับสร้างความปวดร้าว ให้เธอมากขึ้นกว่าเดิม เมื่อเธอค้นพบว่า แท้จริงแล้ว จางเหา คือ ฆาตกรผู้เป็นคนฆ่าพ่อของเธอนั่นเอง และแล้วก็ถึงเวลาที่เธอจะตัดสินใจ ครั้งสำคัญที่สุดในชีวิต ระหว่างความรักกับความแค้น เธอจะเลือกอะไร หงส์อย่างเธอจะยังสามารถยืนอยู่เหนือมังกรได้หรือไม่