เรื่องปลาบู่ทองเริ่มขึ้นโดยเศรษฐีทารก (อ่านว่า ทา-ระ-กะ) ผู้มีอาชีพจับปลามีภรรยา 2 คน คนแรกชื่อขนิษฐา มีลูกสาวชื่อ เอื้อย ส่วนคนที่สองชื่อ ขนิษฐี มีลูกสาวชื่อ อ้าย และ อี่

วันหนึ่งเศรษฐีทารกพาขนิษฐาไปจับปลาในคลอง ไม่ว่าจะเหวี่ยงแหไปกี่ครั้งก็ได้มาเพียงปลาบู่ทองที่ตั้งท้องตัวเดียวเท่า นั้น จนกระทั่งพลบค่ำเศรษฐีก็ตัดสินใจที่จะเอาปลาบู่ทองที่จับได้เพียงตัวเดียว กลับบ้าน ทว่าขนิษฐาผู้เป็นภรรยาเกิดความสงสารปลาบู่ ขอให้เศรษฐีปล่อยปลาไป เศรษฐีทารกเกิดบันดาลโทสะจึงฟาดนางขนิษฐาจนตายและทิ้งศพลงคลอง

เมื่อกลับถึงบ้านเอื้อยก็ถามหาแม่ เศรษฐีจึงตอบไปว่าแม่ของเอื้อยได้หนีตามผู้ชายไป และจะไม่กลับมาบ้านอีกแล้ว นับตั้งแต่วันนั้นขนิษฐีผู้เป็นแม่เลี้ยงของเอื้อย และอี่กับอ้ายน้องสาวทั้งสองก็กลั่นแกล้งใช้งานเอื้อยเป็นประจำโดยที่เศรษฐี ทารกไม่รับรู้และไม่สนใจ

เอื้อยคิดถึงแม่มากจึงมักไปนั่งร้องไห้อยู่ริมท่าน้ำ และได้พบกับปลาบู่ทองซึ่งเป็นนางขนิษฐากลับชาติมาเกิด เมื่อเอื้อยรู้ว่าปลาบู่ทองเป็นแม่ก็ได้นำข้าวสวยมาโปรยให้ปลาบู่ทองกิน และมาปรับทุกข์ให้ปลาบู่ทองฟังทุกวัน

นางขนิษฐีและลูกสาวเห็นเอื้อยมีความสุขขึ้น เมื่อถูกกลั่นแกล้งก็อดทนไม่ปริปากบ่นจึงสืบจนพบว่านางขนิษฐาได้มาเกิดเป็น ปลาบู่ทอง และได้พบกับเอื้อยทุกวัน ดังนั้นเมื่อเอื้อยกำลังทำงานนางขนิษฐีก็จับปลาบู่ทองมาทำอาหารและขอดเกล็ด ทิ้งไว้ในครัว

เอื้อยได้พบเกล็ดปลาบู่ทองก็เศร้าใจเป็นอย่างมาก นำเกล็ดไปฝังดินและอธิษฐานขอให้แม่มาเกิดเป็นต้นมะเขือ เอื้อยมารดน้ำให้ต้นมะเขือทุกวันจนงอกงาม เมื่อขนิษฐีทราบเรื่องเข้าก็โค่นต้นมะเขือ และนำลูกมะเขือไปจิ้มน้ำพริกกิน

เอื้อยเก็บเมล็ดมะเขือที่เหลือไปฝังดินและอธิษฐานให้แม่ไปเกิดเป็นต้น โพธิ์เงินโพธิ์ทองในป่า และไม่ให้ผู้ใดสามารถโค่น ทำลาย หรือเคลื่อนย้ายต้นโพธิ์เงินโพธิ์ทองได้

วันหนึ่งพระเจ้าพรหมทัตเสด็จประพาสป่าได้พบกับต้นโพธิ์เงินโพธิ์ทอง โปรดให้นำเข้าไปปลูกในวัง แต่ไม่มีผู้ใดสามารถเคลื่อนย้ายต้นโพธิ์เงินโพธิ์ทองได้ พระเจ้าพรหมทัตจึงประกาศว่าผู้ใดที่เคลื่อนย้ายต้นโพธิ์เงินโพธิ์ทองได้จะ ให้รางวัลอย่างงาม

ขนิษฐีและอ้ายกับอี่เข้าร่วมลองถอนต้นโพธิ์เงินโพธิ์ทองด้วยแต่ไม่สำเร็จ เอื้อยขอลองบ้างและอธิษฐานจิตบอกแม่ว่าขอย้ายแม่เข้าไปปลูกในวัง เอื้อยจึงถอนต้นโพธิ์เงินโพธิ์ทองได้สำเร็จ

พระเจ้าพรหมทัตถูกชะตาเอื้อยจึงชวนเข้าไปอยู่ในวังและแต่งตั้งให้เอื้อย เป็นพระมเหสี ฝ่ายขนิษฐีและลูกสาวอิจฉาเอื้อยจึงส่งจดหมายไปบอกเอื้อยว่าเศรษฐีทารกป่วย หนักขอให้เอื้อยกลับมาเยี่ยมที่บ้าน

เมื่อเอื้อยกลับมาบ้าน นางขนิษฐีก็ได้แกล้งนำกระทะน้ำเดือดไปวางไว้ใต้ไม้กระดานเรือน และทำกระดานกลไว้ เมื่อเอื้อยเหยียบกระดานกลก็ตกลงในหม้าน้ำเดือดจนถึงแก่ความตาย ขนิษฐีให้อ้ายปลอมตัวเป็นเอื้อยและเดินทางกลับไปยังวังของพระเจ้าพรหมทัต

เอื้อยได้ไปเกิดใหม่เป็นนกแขกเต้า เมื่อเกิดใหม่แล้วก็บินกลับเข้าไปในพระราชวัง พระเจ้าพรหมทัตเห็นนกแขกเต้าแสนรู้ ไม่รู้ว่าเป็นเอื้อยกลับชาติมาเกิดก็เลี้ยงไว้ใกล้ตัว อ้ายเห็นดังนั้นก็ไม่พอใจ สั่งคนครัวให้นำนกแขกเต้าไปถอนขนและต้มกิน

แม่ครัวถอนขนนกแขกเต้าและวางทิ้งไว้บนโต๊ะ นกแขกเต้าจึงกระเสือกกระสนหลบหนีเข้าไปอยู่ในรูหนู มีหนูช่วยดูและจนขนขึ้นเป็นปกติ แล้วเอื้อยก็บินเข้าป่าไปจนเจอกับพระฤๅษี

พระฤๅษีตรวจดูด้วยญานพบว่านกแขกเต้าคือเอื้อยกลับชาติมาเกิดจึงเสกให้ เป็นคนตามเดิม และวาดรูปเด็กเสกให้มีชีวิตเพื่อให้เป็นลูกของเอื้อย เมื่อเด็กนั้นโตขึ้นก็ขอเอื้อยเดินทางไปหาบิดา เอื้อยจึงเล่าเรื่องทั้งหมดให้บุตรชายฟังร้อยพวงมาลัยเพื่อให้บุตรชายนำไป ให้พระเจ้าพรหมทัต

เมื่อพระเจ้าพรหมทัตได้พบกับบุตรชายของเอื้อยและพวงมาลัย ก็ขอให้เด็กชายเล่าเรื่องทั้งหมดให้ฟังว่าได้มาลัยมาอย่างไร เด็กชายก็เล่าตามที่เอื้อยเล่าให้ฟัง เมื่อทราบเรื่องทังหมดแล้วพระเจ้าพรหมทัตก็สั่งประหารชีวิตอ้าย อี่ และขนิษฐี และไปรับเอื้อยเพื่อให้กลับมาครองบัลลังก์ร่วมกันอีกครั้ง